Předmětem sporu bylo to, zda měl správce daně právo zahájit daňovou kontrolu místo postupu k odstranění pochybností. V rámci řízení byla řešena mimo jiné otázka, zda správce daně má povinnost při zahájení daňové kontroly sdělovat důvody pro její zahájení, tedy konkrétní pochybnosti, jako je tomu v případě postupu k odstranění pochybností. Stěžovatel se domníval, že nesdělení těchto důvodů způsobí nezákonnost postupu správce daně.
NSS konstatuje, že pro účinné zahájení daňové kontroly není podmínkou, aby správce daně sdělil daňovému subjektu zcela konkrétní pochybnosti odůvodňující její zahájení, resp. aby mu sdělil konkrétní důvody, neboť tento požadavek stěžovatele nemá zákonný podklad a možnost zahájit kontrolu má správce daně i v případě, kdy by mohl zvolit postup k odstranění pochybností (pokud jsou zde důvody pro volbu daňové kontroly).
Uvedené závěry jsou samy o sobě správné, klíčové je nicméně to, zda má správce daně právo zahájit daňovou kontrolu v situaci, kdy by mohl zvolit různé procesní postupy, zejména postup k odstranění pochybností (POPú. V praxi se totiž často využívá daňová kontrola pro obcházení povinností spojených s POPem.
Domníváme se, že pro zahájení daňové kontroly by tedy měly být skutečně jasné důvody, zejména v judikátu zmíněné očekávané rozsáhlé a dlouhé dokazování, které je typické spíše pro daňovou kontrolu než POP.
Daňová správa má bohužel tendenci paušalizovat a tento a další judikáty jsou v praxi interpretovány jako zcela neomezenou možnost zvolit daňovou kontrolu místo POP. Daňová kontrola je pro správce daně příjemnějším nástrojem zejména s ohledem na lhůty pro její provádění a také očekáváním, že v případě její ukončení bez nálezu nebude správce daně platit úroky a případné náhrady škody v případě pozdějšího vrácení nadměrných odpočtů (tomuto nešvaru snad v budoucnu soudy definitivně zamezí).
Tento závěr je nicméně nesprávný a v situaci, kdy lze cíle dosáhnout méně náročným a subjekt méně zatěžujícím postupem by měl správce daně zdůvodnit, proč volí právě daňovou kontrolu.
