Předmětem sporu byly dvě otázky a to je způsob výpočtu základu stálé provozovny české společnosti v Německu a (ne)uznání nákladů na poradenské služby poskytované mateřskou společností.
V prvním případě dal NSS za pravdu správci daně, který odmítl využít metodu aplikovanou stěžovatelem (meziroční propočty marže) s tím, že je potřeba vycházet z údajů v daném období a metoda tak byla chybná. Dále uvedl, že smlouva o zamezení dvojímu zdanění umožňuje vyhnout se dvojímu zdanění jen v případě, kdy je metoda rozdělení zisku správná.
V druhém případě dal naopak za pravdu stěžovateli v tom, že je možné aby mateřská společnost poskytovala dceřiné společnosti poradenské služby (odkázal na další rozhodnutí) nicméně je potřeba jejich poskytování prokázat. V daném případě nebyly některé podstatné informace uznány za důkaz a proto rozhodnutí KS v Českých Budějovicích zrušil z procesních důvodů. Uvedl že jak správce daně tak KS nebyly tvrzením stěžovatele příliš nakloněni a situaci tak nezhodnotili zcela objektivně (byť připustil, že stěžovatel si při dokazování nevedl příliš dobře a v dalším řízení možná důkazní břemeno neunese).