Stěžovatelka se domáhala určení, že vedení nalézacího řízení řízení je nezákonný zásah z důvodu uplynutí prekluzivních lhůt. Stěžovatelka se domnívala, že řízení ohledně podjatosti znalce, který měl posoudit správnost odpočtů na výzkum a vývoj, není soudním řízením, které by stavělo lhůty.
NSS tento názor odmítl a potvrdil, že řízením, které s daňovým řízením souvisí bylo i řízení ohledně podjatosti znalce. Ačkoliv soudy následně jeho podjatost potvrdily (jednalo se o konkurenci stěžovatelky), nejednalo se dle soudů o postup, který by díky své nepřípustnosti lhůty nestavěl, jednalo se v zásadě o "běžnou chybu" správce daně resp. soudy uvedly, že správce daně nepochybil, pokud vyčkal se jmenováním jiného znalce na soudní rozhodnutí ohledně jeho podjatosti.
podstatné jsou zejména následující pasáže:
[21]Řízením vedeným v souvislosti se stanovením daně soudem ve správním soudnictví a před Ústavním soudem je takové řízení, které má zásadní význam pro stanovení daně, a tedy nepochybný (byť hypotetický) dopad na to, jak správce daně v konečném důsledku rozhodne v probíhajícím daňovém řízení. Smyslem a účelem citovaného ustanovení zjevně není stavit lhůtu pouze v případě, že je napadeno samotné rozhodnutí o stanovení daně, resp. rozhodnutí odvolacího orgánu, jímž se odvolání zamítá a potvrzuje daňový výměr (jak stěžovatelka dovozovala z důvodové zprávy k § 148 daňového řádu, z jejíhož kontextu však podle NSS takto restriktivní výklad dovodit nelze). Pro stavení lhůty dle citovaného ustanovení je nezbytné, aby 1. bylo vedeno řízení před správním soudem nebo Ústavním soudem, a zároveň aby 2. takové řízení mělo přímou souvislost se stanovením daně. Přímou souvislost se stanovením daně nemá například žaloba proti stanovení záznamní povinnosti či zajišťovacímu příkazu, protože jejich soudní přezkum nijak správci daně nebrání, aby v řízení pokračoval (srov. Lichnovský, O., Ondrýsek, R. a kol. Daňový řád. Komentář. 3. vydání. Praha: C. H. Beck, 2016, k § 148).
[22] Lhůta pro stanovení daně může být ve smyslu § 148 odst. 4 písm. a) daňového řádu stavena také v důsledku řízení před správním soudem, kterým je napadeno rozhodnutí správce daně přímo nestanovující daň, ale úzce související se stanovením daně, u kterého žaloba nemá odkladný účinek, ale soud v řízení vydá předběžné opatření podle § 38 s. ř. s., jímž správce daně omezí v možnosti vést daňové řízení a účinně konat další úkony směřující k vyměření daně (srov. a contrario rozsudek NSS ze dne 15. 8. 2008, čj. 5 Afs 4/2008-108).
